1. 公司、分公司擅设分支机构如何处罚

笔者认为，现行法律、行政法规对此问题的规定已经很明确了，关键是要正确理解法条。
《无照经营查处取缔办法》第二条规定，任何单位和个人不得违反法律、法规的规定，从事无照经营。这里的“无照经营”，不仅包括相关单位或个人本身无营业执照却开展经营，还包括本身有营业执照的企业或个体工商户，单独或共同设立应当办理营业执照却未办营业执照的经营机构开展经营。例如，新《公司法》第14条规定，设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照；《企业法人登记管理条例》第35条、《个人独资企业法》第14条、《合伙企业法》第18条，也有类似的设立分支机构应当办照的规定。因此，企业擅设无营业执照的分支机构（分公司）开展经营活动，同样属于《无照经营查处取缔办法》的调整范围。
新《公司法》第211条及《公司登记管理条例》第80条所规定的“冒用有限责任公司或股份有限公司的分公司名义”，是指未经依法登记为有限责任公司或股份有限公司的分公司而擅自使用分公司名义，既包括无任何营业执照而冒用分公司名义从事经营，也包括已依法领取除分公司营业执照之外的其他营业执照却冒用分公司名义从事经营。
其实，《公司法》及其配套行政法规、规章并未使用“分支机构”的概念，而是使用“分公司”概念。《公司登记管理条例》第46条规定，分公司是指公司在其住所以外设立的从事经营活动的机构。总局83号令第十五条第一款则明确，公司设立的不具备企业法人资格的经营机构，其名称可以不含“分公司”字样，但应当按分公司登记程序办理登记。也就是说，凡公司在其住所以外设立的从事经营活动的机构，无论其名称中是否含有“分公司”字样，都属于分公司。当然，根据《企业名称登记管理规定》第十四条第（二）项的规定，分公司名称中不管是否含有“分公司”字样，都应当冠以其所从属公司的名称。因此，“分公司名义”，既包括名称中含有“分公司”字样的情形，也包括名称中虽不含“分公司”字样，但通过冠以某公司名称并缀以“经营部”、“服务部”等字样的形式，表明其属于某公司下属经营机构的情形。
公司或分公司在其住所以外设立经营机构，却未办理登记领取分公司营业执照的行为，首先构成了《无照经营查处取缔办法》第四条和第十四条所查处的无照经营行为；如果该擅设的经营机构使用了分公司名义的，则同时构成了《公司法》第211条及《公司登记管理条例》第80条所查处的冒用分公司名义行为；如果该擅设的经营机构未使用分公司名义（如仍以公司名义从事经营）的，则仅构成无照经营而未构成冒用分公司名义行为。
如前所述，《公司登记管理条例》第80条，并非专门调整无照经营，还调整有其他营业执照但冒用公司或分公司名义的行为。因此，此法条与《无照经营查处取缔办法》第十四条第一款属于法条的交叉竞合，但相互间并无特别法与一般法的关系，不存在依《无照经营查处取缔办法》第十四条第二款转致适用《公司登记管理条例》第80条实施处罚的问题。对于同时构成无照经营行为和冒用分公司名义行为的，应分别适用《无照经营查处取缔办法》第十四条第一款和《公司登记管理条例》第80条，指出其违法性并实施行政处罚，但同种处罚仅适用法定幅度最重的法条实施一次。
总局83号令在被明令废止前，凡与新《公司法》和《公司登记管理条例》不相抵触的条款，均继续有效。不过，总局83号令第32条对公司擅自设立分公司行为的处罚规定，其立法背景是原《公司法》和《公司登记管理条例》对此类行为均未设定行政处罚，而《无照经营查处取缔办法》也尚未出台。当《无照经营查处取缔办法》和新《公司法》、《公司登记管理条例》生效后，总局83号令第32条就与这些上位法相抵触，不应再适用了。
另外，无论是新《公司登记管理条例》，还是老条例，均未将分公司作为公司的登记事项。因此，将公司擅自设立分公司行为，认定为擅自改变登记事项，按新《公司登记管理条例》第七十三条处理，明显是错误的。

2. 企业法人的分支机构在行政处罚案件中能作为被处罚主体么

不可以来，该企业法人为被处罚的源主体。企业法人的分支机构违法，应处罚该企业法人。
《行政处罚法》第三条的规定：公民、法人或者其他组织违反行政管理秩序的行为，应当给予行政处罚的，依照本法由法律、法规或者规章规定，并由行政机关依照本法规定的程序实施。
据此可以将被处罚主体分为三类：1、公民；2、法人；3、其他组织。

3. 财务独立核算的分支机构，可否作为被行政处罚的主体

可否作为被行政处罚的主体，财务独立核算是其条件之一，但是具体的回情况还是有区答别的。
1、如果具体的经营活动仍然由法人机构负责，只是为了考核业绩或结算方便而独立核算分支机构的财务，分支机构不能作为处罚主体；
2、法人机构赋予分支机构自主开展经营活动的权利，才是分支机构可作为被行政处罚的主体的关键。

4. 集体分支机构能否作为行政处罚的被处罚人

企业违法违规的，应当由企业承担责任，企业的法定代表人对外是代表企业的，其分支机构违法违规的，应当追究企业的法律责任，分支机构不能作为行政处罚的被处罚人，对分支机构的处罚是企业内部的事情。

5. 公司分支机构可以直接按无照处罚吗

首先看是什么样的分支机构。
如果是分公司，当然要按设立分公司的程序进行设立，去设立分公司的所在地进行工商登记，如果没进行工商登记，按照无照处罚。
如果不是分公司，只是在主营业地县区设立有关门市或者额外的办公室，不应当被当做无证处罚。

6. 行政处罚案件分公司的总公司不在本辖区怎么办

该咋办就咋办，赵处罚不误，因为你处罚的是属地管辖的分公司，这个分公司的上级单位不在你的属地之内，这是他们公司的事，罚款不管他们谁掏，这是他们内部管理问题，不影响你的处罚

7. 如果法人机构与其几个分支机构同时发生了同样的违法行为，可否对法人机构和其几个分支机构都进行行政处罚

分支机构如果有法人资格，可以分别做行政处罚处罚，如果没有法人资格，行政处罚只能对法人机构做出。

8. 财务不独立核算的分支机构，是否可以独立承担民事责任能否作为被行政处罚的主体

根据《公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。”
从你介绍的情况看，财务不独立核算的分支机构不能独立承担民事责任，当然也不是被行政处罚的主体。

9. 行政处罚决定书的当事人可以是分公司吗

看违法事实的当事人是谁就在决定书上写谁。